有关m6A修饰的研究在生物领域仍然持续火热，近年来，国自然立项和文章发表数目保持指数增长，2021年pubmed收录文章已经高达1556篇。云序生物在m6A修饰领域具有丰富的经验，最近云序客户又连发5篇4-6分m6A 甲基化测序研究文章。下面小编就带大家来看一看这几篇新发文章的研究思路，一起来解密如何能够在短时间内就能发表5分左右的文章！5篇文章当中涉及到的m6A-MeRIP-seq、RNA-seq、MeRIP-PCR、m6A整体甲基化水平检测（LC-MS/MS）等实验由云序生物参与一站式服务完成。
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发表杂志：Frontiers in Cell and Developmental Biology
影响因子：6.684实验手段：m6A-MeRIP-seq，RNA-seq（云序生物提供）
实验样本设计：结直肠癌组织 vs 癌旁（5 vs 5）
发表时间：2022年1月7日
文章链接：Comprehensive Analysis of Differentially Expressed Profiles of mRNA N6-Methyladenosine in Colorectal Cancer
文章摘要：为了全面分析人类结直肠癌（m6A）修饰在人类结直肠癌(CRC)中的作用，作者采用m6A-MeRIP-seq，比较CRC组织与邻近正常对照(NC)组织之间mRNA m6A甲基化的差异，发现50.13%的修饰基因在结直肠癌中表现出独特的m6A修饰峰。采用RNA-seq来检测转录差异表达的mRNA，对m6A-MeRIP-seq和RNA-seq数据进行联合分析，发现了400个差异m6A甲基化和表达基因，通路分析检测到与癌症密切相关。通过GEPIA数据库分析，作者发现B3GNT6、DKC1、SRPK1和RIMKLB的表达与预后相关，而B3GNT6和RIMKLB的表达与临床分期相关。鉴定出17个rbp，其中FXR1、FXR2、FMR1、IGF2BP2、IGF2BP3和SRSF1在CRC中明显高表达，FMR1、IGF2BP2和IGF2BP3与甲基化密切相关，可能参与了CRC的发生发展。
发表杂志：Frontiers in Genetics
影响因子：4.599实验手段：m6A-MeRIP-seq，RNA-seq，MeRIP-qPCR（云序生物提供）
实验样本设计：原发性肾细胞癌 vs 癌旁（5 vs 5）
发表时间：2022年1月21日
文章链接：m6A-mRNA Methylation Regulates Gene Expression and Programmable m6A Modification of Cellular RNAs With CRISPR-Cas13b in Renal Cell Carcinoma
文章摘要：n6-甲基腺苷(m6A)是最广泛的RNA修饰，但其在肾细胞癌(RCC)的发展和进展中的作用仍不清楚。在该研究中，作者通过m6A-MeRIP-seq和RNA-seq获得了肾细胞癌和配对的相邻瘤周组织中转录组范围的m6A谱和基因表达模式。GO分析显示，编码基因具有差异的m6A位点，并在肾脏发育和癌症相关信号通路中富集，并且不同水平的m6A修饰可以调控基因的表达。在组织中通过MeRIP-qPCR验证m6A的修饰，并在RCC细胞系中使用基于CRISPR-Cas13b的工具验证靶向甲基化或去甲基化。该研究结果为研究RNAm6A修饰和m6A介导的基因表达调控在人肾细胞癌中的潜在功能提供了证据。
发表杂志：Frontiers in Genetics
影响因子：4.599实验手段：m6A-MeRIP-seq，RNA-seq，MeRIP-qPCR（云序生物提供）
实验样本设计：食管胃结腺癌 vs 癌旁（4 vs 4）
发表时间：2022年1月24日
文章链接：Analysis of N6-Methyladenosine Methylome in Adenocarcinoma of Esophagogastric Junction
文章摘要：m6A甲基化是最常见的一种RNA修饰。近年来，国内外食管胃交界处腺癌(AEG)的发病率上升速度均快于其他部位的胃癌。因此，作者将这二者结合，采用m6A-MeRIP-seq与RNA-seq相结合，通过生物信息学手段系统地分析了腺癌在食管胃交界处的mRNA的m6A修饰模式。作者发现AEG中独特的m6A相关基因与癌症相关通路有关。在差异表达的mRNA转录本中，AEG中有高甲基化或低甲基化的m6A峰。该研究初步构建了第一个人类AEG的m6a全转录组图谱。这在揭示m6A介导的基因表达调控机制方面具有指导作用。
发表杂志：Journal of Bone Oncology
影响因子：4.072实验手段：m6A-MeRIP-seq，RNA-seq，LC-MS/MS，MeRIP-qPCR（云序生物提供）
实验样本设计：下调METTL3的转移性骨肉瘤细胞 vs 对照（3 vs 3）
发表时间：2022年1月19日
文章链接：m6A-dependent upregulation of TRAF6 by METTL3 is associated with metastatic osteosarcoma
文章摘要：RNA m6A与肿瘤的发生有关。甲基转移酶样3(METTL3)在癌症进展和转移中的重要性已被报道。然而，其在最常见的原发性骨肉瘤(OS)中的作用和分子机制研究较少。作者发现METTL3在转移性OS组织中过表达，而METTL3的下调降低了细胞的迁移、侵袭、上皮-间充质转化以及致瘤和转移活性。在细胞中人工下调METTL3，采用RNA-seq和m6A-MeRIP-seq方法鉴定METTL3的下游基因，发现在转移性OS中，METTL3与TRAF6呈正相关，而METTL3的缺失会导致OS细胞中TRAF6的表达缺失，TRAF6的上调能够促进OS转移。
发表杂志：World Journal of Gastroenterology
影响因子：5.742实验手段：m6A-MeRIP-seq，RNA-seq（云序生物提供）
实验样本设计：重症胰腺炎小鼠 vs 健康小鼠（3 vs 3）
发表时间：2021年11月21日
文章链接：Genome-wide map of N6-methyladenosine circular RNAs identified in mice model of severe acute pancreatitis
文章摘要：重症急性胰腺炎(SAP)是一种致命的炎症性疾病，发病机制复杂，缺乏有效的治疗选择。环状RNA的n6-甲基腺苷(m6a)修饰在其生理和病理过程中起着重要作用。然而，m6A环状RNA在SAP病理过程中的作用尚不清楚。作者采用m6A-MeRIP-seq鉴定m6A环状RNA图谱，通过GO分析和KEGG分析结果显示有一些重要的通路参与了SAP的发病机制，如调节自噬和蛋白质消化等。通过构建m6A circRNA-microRNA网络，发现一些参与SAP发生和发展的重要miRNAs与这些m6A环状RNA结合，如miR-24-3p、miR-26a、miR-92b、miR-216b、miR-324-5p和miR-762。并且发现在SAP中，环状RNA的总m6A水平降低，而ALKBH55水平上调，这表明ALKBH5可能与SAP中m6A的动态过程有关。
思 路 总 结
综上所述，巧妙利用m6A-MeRIP-seq和RNA-seq（云序生物提供）联合分析技术手段，探究疾病组织或细胞中的m6A修饰分布情况，以及m6A对转录组表达调控的影响。
通过这种优质的策略，客户只需要准备好样本，测序后得到的数据，仅需要进行简单的验证，就可以高效探讨RNA的m6A甲基化修饰，基本3-6个月一篇甲基化表达谱的文章就成型，且多组学联合分析，文章内容丰富，是甲基化谱学研究的一大利器！
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