往期环状RNA主题回顾
论文引用：Glažar P, Papavasileiou P, Rajewsky N. circBase: a database for circular RNAs. RNA. 2014;20(11):1666-1670. doi:10.1261/rna.043687.113
在云序生物提供的 HTML 网页版报告当中，有提供 circRNA 的表达谱以及差异 circRNA 的表格。
在表格偏右的位置，可以看到 circBaseID 和 source 两列。在此处的截图中，若该环状 RNA 在 circBase 数据库中有对应的记录，则 source 一列标记为“circBase”，而 circBaseID 一列显示该环状 RNA 的编号；若该环状RNA 在 circBase 数据库中没有记录，则 source 一列标记为“novel”，而 circBaseID 一列留空。
以此处截图中的环状 RNA “hsa_circ_0004846”为例，复制该 circBase ID，然后在 circBase.org 网站首页的搜索框中粘贴，随后点击“Search”搜索，网站随后就会返回搜索结果：
在 circBase 网站上，该 ID 记作“circRNA ID”（上方截图从左到右第 4 列）。
除了按照 circRNA ID搜索以外，circBase 的网页搜索还支持按照以下几类要素来搜索环状 RNA：（所有类型的关键词均无需区分大小写）
NCBI RefSeq transcript ID（例如“NM_027671”）；
基因名（例如“Pvt1”）；
基因组坐标（例如“chrII:123456-7891011”）；
Gene Ontology 条目 ID（例如"GO:0017081"）；
DNA或RNA序列（通过网站首页上方标签栏当中的“blat”）。
需要注意的是，云序生物提供的表格当中，环状 RNA 的基因组坐标（第A列，CircRNAID）与 circBase 上的基因组坐标有细微的差别：
1.起始位置编号差异：circBase 网站上的基因组坐标的起始位置的编号，比云序生物提供的基因组坐标的起始位置的编号小1（-1）。例如下方截图当中绿色高亮的环状 RNA，在 circBase 上的起始位点编号是 5168779，而云序生物提供的起始位点编号是 5168780。
2.是否给出正负链信息：云序生物的表格当中，正负链信息以“+”和“-”附加于基因坐标位置的后方（例如下图当中绿色高亮标注的 chr14:55168780-55169298+），但 circBase 网站上则将正负链信息单列为一列（上方截图从左到右第 3列）。
搜索结果的查看和下载
circBase 网站的搜索结果，以表格形式呈现。仍以环状 RNA “hsa_circ_0004846”的搜索结果为例：点击“基因组坐标”（genomic position）一列的超链接，会跳转到 UCSC 的基因组浏览器（circBase 内部镜像版）；点击“最佳转录本”（best transcript）一列的超链接，会跳转到 NCBI 或 WormBase 中相应的转录本信息页面；点击“基因名”（gene symbol）一列的超链接，会跳转到NCBI 或 WormBase 中相应的基因信息页面；点击“环状RNA 研究论文”（circRNA study）一列的超链接，会跳转到 PubMed 中相关参考文献的页面。
若需要下载环状 RNA 的序列信息，则需要点击 Export results 一行的 fasta 字样。随后，网站将会弹出如下方截图所示的界面。其中，对于序列数据的来源，可以选择基因组序列（genomic）或经过剪接后的 RNA 序列（spliced）；对于序列数据的范围，可以指定向上游或向下游多截取的碱基数目。确定好这些选项后，点击“Search”按钮即可下载环状 RNA 的序列信息。
仍以环状 RNA “hsa_circ_0004846”的搜索结果为例：若序列来源选取的是“spliced”，不额外截取更多碱基，下载的序列长度将会是 519 bp。对于外显子来源的环状 RNA（云序生物提供表格的“Catalog”一列标记为“exonic”的环状 RNA），建议使用这种设定。
若序列来源选取的是“genomic”，不额外截取更多碱基，下载的序列长度将会是 11001 bp，即该 circRNA 来源的基因组区域的全长片段。
到此为止，你就已经掌握 circBase 查找和下载环状 RNA 的基本方法了。怎么样？是不是很简单！
批量搜索环状 RNA
除了简易的单次搜索以外，circBase 也支持一次性对多个环状 RNA 进行批量搜索。只需点击网站首页上方标签栏当中的“list search”就能进入批量搜索的界面。
首先，点选“Organism”的下拉菜单，选取物种；然后，在“Search list”空白区域输入需要批量检索的环状 RNA 的信息（例如具体的 circRNA ID 名、具体的基因组坐标等），也可在“Upload file”处浏览本地文本文件上传；随后，点击页面下方的“Search”按钮，网站就将返回批量搜索的结果表格。
批量筛选环状 RNA
如果不知道每个环状 RNA 的详细信息（例如具体的 circRNA ID 名、具体的基因组坐标等），但仍希望进行批量检索，circBase 还支持设定条件来筛选环状 RNA。只需点击网站首页上方标签栏当中的“table browser”就能进入批量筛选的界面。在此界面选定各个筛选条件，随后点击页面下方的“Search”按钮，网站就将返回批量筛选的结果表格。
地 址： 上海市松江区莘砖公路518号24号楼4楼 联系人： 戴小姐 电 话： 021-64878766 传 真： 021-64878766 Email：market@cloud-seq.com.cn;liuqingqing@cloud-seq.com.cn
杨宝峰院士团队RNA修饰又一成果 | 云序ac4C acRIP-seq助力揭示心脏I/R损伤的作用机制
(2024-12-03T00:00 浏览数:2698)
杨宝峰院士团队最新成果 | 云序助力揭示RNA修饰m7G调控心肌肥厚的机制研究
(2024-11-13T00:00 浏览数:4561)
Nature子刊| 重磅综述！一文总结「m6A修饰非编码RNAs」在各类肿瘤中的调控机制及作用
(暂无发布时间 浏览数:4279)
研究速览-eccDNA 2023年最新进展大放送！
(暂无发布时间 浏览数:3929)
云序生物MeRIP-qPCR技术干货
(暂无发布时间 浏览数:3953)
技术干货| “eccDNA碱基序列的获取及引物设计”方法教程
(暂无发布时间 浏览数:4256)
云序客户m6A高分文章|揭示组蛋白乙酰化与m6A修饰在眼部黑色素瘤发生中的共同作用机制
(暂无发布时间 浏览数:3003)
Nat Biotechnol IF=47 | BID-seq:一种基于单碱基分辨率的假尿嘧啶（Ψ）修饰定量测序检测方法
(暂无发布时间 浏览数:2669)
北大伊成器团队Nature Reviews重磅发文：非m6A热门修饰调控与功能一文速览！
(暂无发布时间 浏览数:3795)
用户文章m6A专题|IF=9.8|m6A去甲基化酶ALKBH5缺乏会加重钴致神经退行性损伤
(暂无发布时间 浏览数:2588)
上海云序生物科技有限公司
商家主页
相关咨询