在蛋白质组学研究中，从靶点发现到结果验证，靶向定量技术发挥着日益重要的作用。与传统的标记定量或数据依赖采集（Data-Dependent Acquisition, DDA）方法相比，多反应监测（Multiple Reaction Monitoring, MRM）和平行反应监测（Parallel Reaction Monitoring, PRM）技术具备更高的特异性、灵敏度与重现性，尤其适合低丰度蛋白的准确检测。随着高分辨质谱技术的发展，PRM在特定应用中逐步展现出对MRM的补充乃至替代潜力。本文将从技术原理、性能特征、适用场景和数据处理等维度系统比较PRM与MRM，为研究者提供选型参考。

一、技术原理对比

1、MRM（Multiple Reaction Monitoring）采用三重四极杆质谱仪（Triple Quadrupole, QqQ），通过设定前体离子和特定产物离子的m/z对，实现高选择性的定量监测。

2、PRM（Parallel Reaction Monitoring）则依赖高分辨率、高精度的质谱平台（如Orbitrap或Q-TOF），对目标肽段进行全产物离子扫描，从而获得更全面的离子信息。

📌 简而言之，MRM是“点对点”监测，而PRM是“全谱段”捕获。

二、性能比较：灵敏度 vs. 特异性 vs. 通量

🎯 在方法开发周期、特异性与数据完整性方面，PRM具有一定优势，而MRM在超高通量和极限灵敏度需求下仍为首选。

三、应用场景差异：从大规模筛查到精准验证

✅ MRM 更适用于：

• 高通量临床样本中的已知蛋白定量
• 生物标志物验证阶段的定量分析
• 制药行业中药物作用机制研究

✅ PRM 更适用于：

• 低丰度、背景复杂样本中的特异性肽段验证
• 结合DDA初筛数据进行的靶点确认
• 需要获取完整碎裂图谱以增强可靠性的研究

📌例如，在癌症标志物研究中，PRM常用于验证早期DDA识别的候选肽段，后续通过MRM在大规模样本中实现高通量检测。

四、数据处理与软件支持

两种技术均可借助如 Skyline 等开源软件进行方法开发和数据分析，但在处理流程和复杂性方面有所不同：

1、MRM：聚焦特定离子对，数据结构清晰，处理速度快，适合标准化应用；

2、PRM：需从全产物离子谱中提取目标信号，分析涉及谱图重建与干扰峰排除，对算法与人员经验要求更高。

五、成本与仪器可达性考量

1、MRM 依赖三重四极杆质谱，仪器相对常见，运行成本低，是很多医院和药企的常规平台。

2、PRM 需要Orbitrap或Q-TOF等高分辨质谱，购置成本和运维成本较高，适合科研机构或高端定量需求。

六、如何选择PRM或MRM？

PRM和MRM各有千秋，关键在于明确研究目标和样本特性：

• 若追求最大灵敏度和高通量，MRM是优选；
• 若关注特异性与方法开发效率，PRM更具优势；
• 在实际应用中，两者可协同互补，形成从发现到验证的完整定量闭环。

📣 百泰派克生物科技结合多年的质谱平台管理经验和项目服务积累，已构建高通量、标准化的PRM/MRM定量分析流程，支持多样本类型（血浆、尿液、FFPE、组织等），欢迎联系我们定制靶向蛋白质组学方案！

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

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