分子识别在色谱中的应用就是亲和色谱。生物大分子对亲和色谱配体（某些基团或分子）有特异性作用，形成一种特殊的分子间作用。这种作用是多种作用力（疏水力、静电力、氢键力、范德华力等）的综合作用结果加上立体适配作用的集成。配体对溶液中分子的作用是有选择性的，只对一类或一种生物大分子起作用而使其保留，对其他物质不起作用。就象一把钥匙开一把锁，有人也把这亲和作用叫锁钥作用。
亲和色谱是一种分离度最高的色谱法，但只能用于生物大分子分离。做好亲和色谱的关键是选好配体和色谱条件。
亲和色谱最常用的基质是琼脂糖凝胶，根据目标蛋白质的分子量大小选用凝胶。分子量在百万以上选用 4B（ CL4B,4FF）系列，分子量稍小些的选用 6B(CL6B,6FF)系列。 CL系列键合密度大， FF系列耐压高、机械性能好。
要根据分离对象选择合适的配体，配体应对某一个样品或某一类样品有特异性吸附。我们现在已经知道的有些配体如底物和抑制剂对酶、抗体对抗原有特异性吸附；有些配体对某一类样品有特异性吸附，如刀豆球蛋白对糖蛋白、某些三嗪染料对干扰素及某些蛋白、对氨基苯甲脒对含丝氨酸的蛋白质有吸附。（祥见有关专著）
商品化的亲和色谱介质品种不多，见下表。
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品种
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载量
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应用
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环氧活化琼脂糖微球
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环氧值 20~40 μ mol/ml
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亲和色谱中间体，可偶联带
NH 2 、 SH 、 OH 的配基
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CNBr 活化琼脂糖微球
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亲和色谱中间体，可偶联带
NH 2 的配基
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赖氨酸琼脂糖微球 4B
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0.6mg 血纤维蛋白溶酶原 /ml
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纯化血纤维蛋白溶酶原等
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肝素高流速琼脂糖微球
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≥ 3mg凝血酶 /ml
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纯化抗凝血酶Ⅲ、凝血酶
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明胶琼脂糖微球 4B/4 FF
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1mg 血纤维结合蛋白 /ml
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纯化或去除血纤维结合蛋白
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蓝色染料琼脂糖微球
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18mg HSA/ml
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生物大分子的纯化分离
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金属螯合琼脂糖微球
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24~30 μ mol/ml Zn +2
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与金属有作用的蛋白质纯化
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亲和色谱种类太多，很多情况下买不到商品填料，要自己合成。可以根据配基活性基团的种类选择购买活化琼脂糖微球再合成是比较方便的途径。也可以购买交联琼脂糖自己从头合成。（见相关专著）
西安恒成生物科技有限公司是一家专业从事层析介质（色谱填料）研产销一体的公司；
有两大类产品：无配基微球和层析介质
五大层析介质都有：离子交换，排阻（凝胶过滤），亲和，疏水，反向；
三类材料：琼脂糖凝胶，葡聚糖凝胶，硅胶
离子交换包括：阳离子（SP，CM)阴离子（Q,DEAE);
凝胶过滤包括：4B,6B,CL-4B,CL-6B,4BFF,6BFF
疏水包括：苯基，丁基
亲和的有：蛋白a柱，去内毒素柱，肝素柱，明胶柱，赖氨酸柱，硼酸柱，辅酶A柱，镍柱。
亲和活化中间体有：溴化*活化4B，氨已基4B，羧已基4B，环氧活化FF,NHS活化；
反向的有C18，C8，C12
有标签蛋白首选亲和介质，纯化效率高，分离效果好。无标签蛋白，样品成分复杂，选离子交换和疏水介质。检测分析样品，一般选排阻介质和反向介质。
亲和介质和需分离出物质有特异性的选择性亲和力，亲和介质选择性好，分离效率高，洗脱用取代基竞争替换，过程简单。
离子交换介质适用面广，可处理复杂的混合溶液；PI大的物质一般选阳离子交换介质，PI小的物质一般选择阴离子交换介质；洗脱一般用改变PH和盐浓度的方式洗脱。
疏水介质分辨率高，一般用于处理盐析以后的样品，洗脱用去离子水或低浓度缓冲液。
排阻介质根据分子大小分离，过程简单，一般用于纯化的后续工艺及精制实验室分析，特别适用于分子量相差比较大额样品。
反向介质依据物质之间极性差异进行分离，适用广泛，特别多的用于小分子有机物质，和中草药提取精制等，也多用于实验室分析。